Ypäjän seurakunta tekee yhteistyötä Perttulan koulun sekä Kartanon koulun kanssa.
Nuorisotyönohjaaja osallistuu Perttulan koulun välitunnille aina tiistaisin klo 11.45-12.15 ja Kartanon koulun välitunnille torstaisin klo 10.45-11.30.
Seurakunta pitää kerran kuukaudessa Perttulan koululla aamunavauksen.