Ypäjän seurakunta tekee yhteistyötä Perttulan koulun sekä Kartanon koulun kanssa.

Perttulan koululla pidetään kuukausittaisia aamunavauksia sekä molemmissa kouluissa on aloitettu seurakunta välitunnit, jossa nuorisotyönohjaaja käy moikkailemassa koululaisia viikoittain.